這兩個柜子雖然外觀上沒有不同，但完全不同，不能互相替代。

超凈工作臺僅提供產品保護，而（某種類型）生物安全柜可用于產品，人員和環境保護。

與生物安全柜不同，層流超凈臺不適用于任何潛在的生物危害物質，包括感染物，感染動物組織和危險化學品以及揮發性放射性同位素。

與超凈臺不同，“混合污染”空氣在通過工作區后被吸入生物安全柜的前部空氣格柵。這種機制確保污染的空氣不會暴露在機柜外面的人員身上。

與超凈工作臺不同，生物安全柜內有一個HEPA排氣過濾器。所有排到室內或室外的空氣總是干凈無顆粒。